多数患者在第一次给药后会有程度不等的发热、肌痛等感冒样反应，可预先给解热镇痛药缓解症状。随着治疗时间的延长这些反应均可有不同程度的缓解-常称之为快速耐受。治疗2-3个月后仍会稍感疲乏、食欲降低，不少患者有轻微脱发，但一般不影响上学或上班。约25%-30%的患者出现血液白细胞和血小板减少，通常发生在疗程的前2-3个月，停药后可很快恢复。干扰素虽然有较多不良反应，但只要按时检查进行必要的对症处理，就能安全完成疗程。