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GenomeLab® GeXP遗传分析系统

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随着基因组学研究的深入, 人们逐渐从单纯的遗传多样性研究转向遗传-环境关系研究。单细胞分析为现今分子生物学研究的热点, 通过对单细胞的遗传基因座水平的实时监测可以更加准确地预测表型。基因定量分析的传统方法Q-PCR技术只能一次监测1-3个基因;GeXP系统采用创新的XP-PCR技术,在只有单个细胞的情况下配合Ampligrid扩增系统,能够对多至30重的基因进行定量分析, 是基因定量分析技术领域的突破性进展.北京市肝病研究所引进了该套设备,欢迎合作。

一、系统主要特点如下:

1.通量高: GeXP遗传分析系统可以在每个反应中分析多达30个基因; 可以对数万个样品的数十甚至数百个基因位点进行定量分析,这一能力是业界的任何其它方法所无法比拟的。

2.敏感性高,结果重复性好: GeXP系统克服了传统PCR扩增方法的不均等扩增造成的偏差,提高了对一套目的基因进行定量的速度和敏感性。

3.方法简便,使用经济:GeXP提供从试剂、多重PCR引物设计、结果及定量表达谱分析等全套实验方案;GeXP内在的多重分析能力可以使您在每个样本花费极低的前提下,同时分析多达30个的基因。

4.易于实现自动化:就样品制备而言,Biomek系列自动液体处理仪可以与GeXP分析仪和Ampligrid扩增仪完全匹配, 集成的条形码阅读器保证了准确的样品追踪和结果报告。

GeXP系统是基因表达多重定量分析的准确、经济、高通量的最新解决方案,它能够对多至35重的目标基因的表达情况进行定量分析比较,是多重PCR领域的革命性技术。它巧妙的将多重PCR技术和毛细管电泳技术结合起来,采用通用引物与特异引物相结合的方法,通过专利技术来实现多重PCR产物定量检测的目的。GeXP系统克服了芯片成本高、重复性差和定量PCR方法通量低等弊端,是目前唯一可以进行低成本高效的多重PCR定量分析的技术平台。

二、主要应用领域

(一) 临床相关应用

1.肝癌单细胞诊断与用药指导

结合高端分选型流式细胞仪Moflo,我们可以根据所拿到的血清肿瘤循环细胞进行单细胞PCR扩增后,运用GeXP技术对肿瘤细胞进行遗传学分析,充分解析其表达及基因突变点,为临床用药指导提供帮助。鉴定癌良性肿瘤中有无恶变及其程度是实现正确有效干预的重要前提。

2.肝癌表达谱分析(肿瘤标志物筛查)

3.乙肝病毒耐药突变检测

GeXP 在乙肝耐药性检测上,相比ABI 所有型号机器都有优势:杂合子检测能力(GeXP 可以检测10%的杂合位点):乙肝患者服用药物后,体内病毒的突变是缓慢,循序渐进的,因此在每次检测时候,某段序列不可能100%全部突变成另外一段序列。如果能够在病毒只有10%的耐药性突变时,调整给药,将有利于及时控制病情。

4.以DNA序列分析为基础的应用

如病原体鉴定、突变分析、耐药变异分析等。

5.以DNA片段分析为基础的研究

SNP单碱基突变检测、STR个体识别亲缘鉴定、肿瘤细胞杂合子缺失分析、扩增片段长度多态性分析、中药指纹图谱等。

(二)科研相关应用

1.单细胞测序

采用AmpliGrid技术,单细胞扩增和测序可以整合在同一个工作流程中。PCR反应在单细胞被放置的位点进行,极大降低了污染的风险和测序噪音的产生。

2.单细胞基因表达

单个细胞的多重基因表达能为研究者提供丰富的基因表达信息, 在仅有一个独特细胞的情况下,通过与Beckman CoulterGeXP多重基因表达系统的联用,能为研究者提供关于一个细胞的40个基因表达信息。

3.单细胞拷贝数变异分析

AmpliGrid技术可以显著地降低全基因组染色体缺失/存在分析的复杂度,用该方法检测单细胞,结合对多个遗传位点的冗余分析,使得染色体缺失/存在检测更加准确。

4.整合免疫分型和单细胞基因表达分析

除了上述研究的功能之外,GeXP既然被称为“多功能基因分析系统”它自然囊括了目前几乎各种基因分析的应用:

DNA的序列测定:可以实现800bpDNA的准确测序,精确度高达98.5%

SNP多态性分析:可进行多至10重的SNP位点分型

STR多态性分析:可以进行人类STR位点的分析,即个体识别

AFLP多态性分析

HLA精细分型

基于STR分析的连锁分析

基于测序和片段分析的病毒基因型鉴定和载量分析

基因靶点Biomarker的发现

与癌症等疾病发生有关的geneset 确证

RNA干扰(RNA interference)研究

代谢途径分析(PathwayAnalysis)

基因表达调控的监测(MonitorGene Regulation)

药物特征研究(DrugCharacterization)