慢性HBV感染的自然病程一般可划分为4个时期，即免疫耐受期、免疫清除期、非活动或低（非）复制期和再活动期。需要注意的是，并不是所有感染HBV者都经过了这4个阶段。什么阶段的乙肝需要治疗？关键因素之一在于治疗前患者的免疫状态。

在免疫耐受期无症状携带状态，尽管血清病毒含量高，但对机体伤害不大，且现有的治疗方法往往难以获得良好效果——因此一般不抗病毒治疗；

当免疫清除期时，血清病毒含量高，并伴有肝功持续或间歇升高，肝组织发生炎症坏死，肝纤维化有所加重，可快速进展，如不治疗部分患者还可发展为肝硬化、肝衰竭——此时是进行治疗的时机；

当病毒处于低或非复制状态时，肝功水平正常，肝组织无炎症或仅有轻度炎症，这是HBV感染获得一定程度免疫控制的结果——此时多主张不治疗，但应定期监测；

当病毒处于再次活动期时，部分患者可能出现1次或数次的肝炎急性发作——这也是治疗的时机。