北京肝病研究所（Beijing Institute of Hepatology）在2011年由北京市编制委员会批准由北京市卫生局肝炎研究所正式更名为北京市肝病研究所（京编办事[2010]104号），成为了一所市属财政全额拨款16家医疗科研单位之一。目前北京市肝病研究所共有职工41名，包括正式在编职工34人、合同制职工6人和退休返聘人员1人，近50%人员具有高级职称（正高职称8人、副高职称13人），46%人员拥有博士学位（19人）。

北京市肝研究所实行所长/法人负责制，首都医科大学附属北京佑安医院院长李宁教授负责科研、教学、人事和外事等全面工作；常务副所长陈德喜教授负责研究所的具体建设；办公室主任刘秀红博士协助所长完成各项工作；研究所学术委员会是研究所的学术指导监督机构，主要任务是审议研究所的发展方向、组织重大学术活动和审批所内绩效考核课题等。  

研究所从业务职能上分为四个部：科研部、教研部、转化部和检测部。科研部负责人是任锋副教授，科研部不仅有多名从海外学习归来的高级研究人员，还拥有国际领先的仪器设备，建立了流式技术平台、深度测序平台、细胞工作站平台、小动物分子影像技术平台、形态学平台、液滴式数字PCR平台和液相芯片多因子检测平台，该部的任务是在各种基金的支持下，完成肝纤维化、重型肝炎及肝癌等肝病的发病机制和临床研究。转化部的负责人是谢立研究员，该部的工作目标是将实验室的研究成果应用到临床，转化为医药产品或者诊疗技术。检测部的负责人是黄雁翔研究员，按照院里“创优争先，创建人民满意医院”的目标，完成全院门诊、病房及科研的HBV DNA和HCV RNA的荧光定量检测工作，承接北京佑安医院药理基地临床验证工作，承接科技发展有限公司定量检测试剂盒临床验证等。教学部负责人是王延军研究员，其工作重点是在首都医科大学和北京佑安医院的大力支持下，完成北京市肝病研究所自2012年开设的面向首都医科大学的研究生（包括硕士生和博士生）的“感染与传染性疾病诊断新技术研究进展”的理论课和实验课。

北京市肝病研究所总体目标是通过“三个联合”和“四个深化”的战略，即广泛密切联合肝病医院、国际同行和知名公司，深化探索科研管理体系、深化人才培养机制、深化重点研究课题的国际和产业化合作机制和深化基础临床结合转化机制；突出重点目标，合理常规目标，结合短期、中期和长期规划，将北京市肝病研究所建设成为以肝病基础研究和临床转化为重心，以科研创新为使命，服务于肝病患者，满足人民健康需求的开放型国际知名研究所。在目前大众创业、万众创新的新形势下，研究所的科技人员有激情和有能力抓住发展的大好时机，为实现我们的目标做出应有贡献。